今日たまたま知ったのでメモです。
通常JavaScriptからCSSのプロパティを操作するときは
オブジェクト名.style.CSSプロパティ名 = "値"
のようにします。
例: document.getElementById("main").style.display = "none";
(mainというIDが振られている要素の表示を消す)
ただし、z-index(重なりの順序)を操作するときは注意が必要です。
オブジェクト名.style.z-index = 0;
ではなく
オブジェクト名.style.zIndex = 0;
とやります。
「style.z-index」でやるとエラーになっちゃいます。